La película sigue el curso de tres narraciones entrelazadas, que tienen lugar en distintos espacios temporales: el siglo XXI, la era de la conquista española de América y un mundo futurista.
Primera narración en el siglo XXI: El científico
Cuando Tommy regresa a casa, Izzi, su esposa, le señala una nebulosa brillante y la describe como Xibalba, el inframundo maya al cual viajan todas las almas cuando mueren. También le muestra a Tommy un libro que está escribiendo, que se sitúa en la conquista española de América, titulado The Fountain (La Fuente). Cuando Izzi se va a dormir, Tommy lee el libro y se queda dormido. Al despertar, se entera que Izzi ha ido al museo. La encuentra allí, y ella le explica la historia de la creación de los mayas: le cuenta de como el primer creador del mundo se sacrificó a sí mismo para dar vida a todos los seres del mundo. Unos minutos después, ella se derrumba y Tommy le lleva al hospital. Cuando Izzi está en el hospital le dice a su marido que ya no le teme a la muerte. Él no acepta esto y regresa a su laboratorio a seguir trabajando desesperadamente para encontrar una cura para el tumor cerebral de Izzi.
En una de las escenas, Izzi entra en paro cardíaco (presenta una fibrilación ventricular) y los enfermeros obligan a Tommy a abandonar la habitación. En ese momento la doctora Lillian Guzetti (interpretada por Ellen Burstyn) le comunica que el tumor de Donovan se está reduciendo. Tommy en un ataque de locura y desesperación entra en la habitación compruebando que las maniobras de resucitación han sido inútiles. En el funeral de Izzi, Tommy le dice enajenado por el dolor a la doctora Guzetti: La muerte es una enfermedad como cualquier otra, hay una cura. Y yo la encontraré.
Segunda narración en el siglo XVI: El Inquisidor
Tomás viaja al Nuevo Mundo con los conquistadores y los compañeros del Padre Ávila para encontrar el “Árbol de la Vida”. A medida que la búsqueda se prolonga y las dificultades se multiplican, algunos de los hombres deciden organizar un motín. Tomás restablece el orden matando a los cabecillas, una vez que el Padre Avila revela que han llegado a su destino. Cuando Tomás y sus hombres se acercan a la pirámide, en cuya cima se encuentra el “Árbol de la Vida”, los guerreros mayas les atacan. Dos soldados que huían mueren inmediatamente, pero Tomás es capturado por los guerreros que le fuerzan a subir a la pirámide. Cuando llegan a la cima del templo, Tomás es apuñalado en el abdomen por un sacerdote maya que lo estaba esperando.
Tercera narración futurista: El astronauta
Final de las tres narraciones:
En el futuro se muestra a Tom pasando por el corazón de la nebulosa Xibalba y consigue quedarse en paz con el pensamiento de su muerte inminente, la estrella explota y el árbol florece una vez más.
En el mundo real se muestra a Tommy plantando una semilla del árbol sobre la tumba de Izzi simbolizando así la resurrección de la vida a través de la muerte.
La Fuente de la Vida es una película sorprendente, bonita, con grandes dosis de fantasía llevada incluso al estado de surrealismo. Sus escenas de realidad son tremendamente desgarradoras y auténticas. La escenografía épica ha sido muy bien trabajada. El trabajo interpretativo, el vestuario, los efectos especiales y la banda sonora son exquisitos.
Se refleja una vez más cómo la paciente acepta antes su propia muerte que los que le rodean siendo ella quien consuela a los que se quedan. Para mi, uno de los momentos más impresionantes es ver cómo ese investigador incansable que está a punto de tener en su mano la llave para curar a su mujer, se llena de rabia e ira por la impotencia que siente de haberle fallado estando tan cerca. Se muestra así el lado humano e irracional que puede tener incluso un profesional sanitario cuando es atravesado por el dolor en primera persona.